Для переноса продуктов, покупателей и заказов существует приложение Cart2Cart Store Migration App.
Есть интересная статья о причинах миграции на Shopify крупного продавца (на английском). Но если тезисно:
- Безопасность данных
- Скорость исправления ошибок платформы
- Качество программирования магазина (не платформы)
- Слишком дорогая поддержка
- Не всегда легко установить приложения
- Невозможность оплатить покупки из-за недоступности сервера